ग्राउंडब्रेकिंग टीबी आणि डीआर -टीबी डायग्नोस्टिक सोल्यूशन #मॅक्रो आणि मायक्रो -टेस्ट!

क्षयरोग निदान आणि औषध प्रतिरोध शोधण्यासाठी एक नवीन शस्त्र: क्षयरोग अतिसंवेदनशीलता निदानासाठी मशीन लर्निंगसह एक नवीन पिढी लक्ष्यित अनुक्रम (टीएनजीएस)

साहित्यिक अहवाल: सीसीए: टीएनजीएस आणि मशीन लर्निंगवर आधारित निदान मॉडेल, जे कमी बॅक्टेरियातील क्षयरोग आणि क्षयरोगाच्या मेंदुज्वर असलेल्या लोकांसाठी योग्य आहे.

थीसिस शीर्षक: क्षयरोग-लक्ष्यित पुढील पिढीतील अनुक्रम आणि मशीन लर्निंग: पॉसीफिक फुफ्फुसीय ट्यूबलर आणि ट्यूबलर मेनिंजायटीससाठी एक अल्ट्रा-सेन्सेटिव्ह डायग्नोस्टिक रणनीती.

नियतकालिक: 《क्लिनिका चिमिका अ‍ॅक्टिया》

जर ● 6.5

प्रकाशनाची तारीख: जानेवारी 2024

चीनी युनिव्हर्सिटी ऑफ सायन्सेस युनिव्हर्सिटी आणि कॅपिटल मेडिकल युनिव्हर्सिटीच्या बीजिंग चेस्ट हॉस्पिटलसह एकत्रित, मॅक्रो आणि मायक्रो-टेस्टने लक्ष्यित अनुक्रम (टीएनजीएस) तंत्रज्ञान आणि मशीन लर्निंग पद्धतीच्या नवीन पिढीवर आधारित क्षयरोग निदान मॉडेलची स्थापना केली, ज्याने अल्ट्रा-हाय प्रदान केली काही जीवाणू आणि क्षयरोगाच्या मेनिंजायटीससह क्षयरोगासाठी संवेदनशीलता शोधणे, दोन प्रकारच्या क्लिनिकल निदानासाठी एक नवीन अतिसंवेदनशीलता निदान पद्धत प्रदान करते क्षयरोग, आणि क्षयरोगाचे अचूक निदान, औषध प्रतिकार शोधणे आणि उपचार करण्यास मदत केली. त्याच वेळी, असे आढळले आहे की टीबीएमच्या निदानामध्ये क्लिनिकल सॅम्पलिंगसाठी रुग्णाच्या प्लाझ्मा सीएफडीएनएचा योग्य नमुना प्रकार म्हणून वापर केला जाऊ शकतो.

या अभ्यासामध्ये, 227 प्लाझ्मा नमुने आणि सेरेब्रोस्पाइनल फ्लुइड नमुने दोन क्लिनिकल कोहोर्ट्स स्थापित करण्यासाठी वापरले गेले, ज्यामध्ये क्षयरोगाच्या निदानाचे मशीन लर्निंग मॉडेल स्थापित करण्यासाठी प्रयोगशाळेतील निदानात्मक कोहोर्टचे नमुने वापरले गेले आणि प्रस्थापित निदानात्मक कोहॉर्ट नमुने प्रस्थापित सत्यापित करण्यासाठी वापरले गेले. निदान मॉडेल. सर्व नमुने प्रथम मायकोबॅक्टीरियम क्षयरोगासाठी खास डिझाइन केलेले लक्ष्यित कॅप्चर प्रोब पूलद्वारे लक्ष्य केले गेले. त्यानंतर, टीबी-टीएनजीएस सिक्वेंसींग डेटाच्या आधारे, निर्णय वृक्ष मॉडेल प्रयोगशाळेच्या निदान रांगेच्या प्रशिक्षण आणि वैधता संचांवर 5 पट क्रॉस-वैधता करण्यासाठी वापरला जातो आणि प्लाझ्मा नमुने आणि सेरेब्रोस्पाइनल फ्लुइड सॅम्पलचे निदान उंबरठा प्राप्त केला जातो. प्राप्त केलेला उंबरठा शोधण्यासाठी क्लिनिकल निदान रांगेच्या दोन चाचणी संचांमध्ये आणला जातो आणि शिकणार्‍याच्या निदानात्मक कामगिरीचे मूल्यांकन आरओसी वक्र द्वारे केले जाते. शेवटी, क्षयरोगाचे निदान मॉडेल प्राप्त झाले.

अंजीर. 1 संशोधन डिझाइनचे योजनाबद्ध आकृती

परिणामः सीएसएफ डीएनए नमुना (एयूसी = ०.74) 74) आणि प्लाझ्मा सीएफडीएनए नमुना (एयूसी = ०.90०8) च्या विशिष्ट उंबरठ्यानुसार या अभ्यासामध्ये २२7 नमुन्यांपैकी सीएसएफ नमुन्यांची संवेदनशीलता .0 .0.०१%होती, विशिष्टता 95.65%होती, आणि प्लाझ्मा नमुन्यांची संवेदनशीलता आणि विशिष्टता 82.61% आणि 86.36% होती. टीबीएम रूग्णांकडून प्लाझ्मा सीएफडीएनए आणि सेरेब्रोस्पाइनल फ्लुइड डीएनएच्या 44 जोडलेल्या नमुन्यांच्या विश्लेषणामध्ये, या अभ्यासाच्या निदान धोरणात प्लाझ्मा सीएफडीएनए आणि सेरेब्रोस्पाइनल फ्लुइड डीएनएमध्ये 90.91% (40/44) उच्च सुसंगतता आहे आणि संवेदनशीलता 95.45% आहे (42/44). फुफ्फुसीय क्षयरोगाच्या मुलांमध्ये, या अभ्यासाचे निदान धोरण त्याच रूग्णांकडून (28.57% वि 15.38%) गॅस्ट्रिक रस नमुन्यांच्या एक्सपर्ट शोध परिणामांपेक्षा प्लाझ्मा नमुन्यांकरिता अधिक संवेदनशील आहे.

अंजीर. 2 लोकसंख्येच्या नमुन्यांसाठी क्षयरोग निदान मॉडेलचे विश्लेषण कामगिरी

अंजीर. 3 जोडलेल्या नमुन्यांचे निदान परिणाम

निष्कर्ष: क्षयरोगासाठी एक अतिसंवेदनशील निदान पद्धत या अभ्यासामध्ये स्थापित केली गेली होती, जी ऑलिगोबॅसिलरी क्षयरोग (नकारात्मक संस्कृती) असलेल्या क्लिनिकल रूग्णांसाठी सर्वाधिक शोध संवेदनशीलता असलेले निदान साधन प्रदान करू शकते. प्लाझ्मा सीएफडीएनएवर आधारित अतिसंवेदनशील क्षयरोगाचा शोध घेणे सक्रिय क्षयरोग आणि क्षयरोगाच्या मेनिंजायटीसच्या निदानासाठी एक योग्य नमुना प्रकार असू शकतो (मेंदूच्या क्षयरोगाच्या संशयित रूग्णांसाठी सेरेब्रोस्पाइनल फ्लुइडपेक्षा प्लाझ्मा नमुने गोळा करणे सोपे आहे).

मूळ दुवा: https://www.sciencedirect.com/sione/article/pii/s0009898123004990? %3dihub मार्गे

मॅक्रो आणि मायक्रो-चाचणी क्षयरोग मालिका शोध उत्पादनांचा संक्षिप्त परिचय

क्षयरोगाच्या रूग्णांच्या आणि विविध गरजा च्या जटिल नमुना परिस्थिती लक्षात घेता, मॅक्रो आणि मायक्रो-टेस्ट थुंकीच्या नमुन्यांमधून क्वालकॉम लायब्ररी कन्स्ट्रक्शन आणि सिक्वेंसींग आणि डेटा विश्लेषणापासून लिक्विफिकेशन एक्सट्रॅक्शनसाठी एनजीएस सोल्यूशन्सचा संपूर्ण सेट प्रदान करते. उत्पादनांमध्ये क्षयरोगाच्या रूग्णांचे जलद निदान, क्षयरोगाचे औषध प्रतिरोध शोधणे, मायकोबॅक्टीरियम क्षयरोग आणि एनटीएमचे टाइप करणे, बॅक्टेरिया-नकारात्मक क्षयरोग आणि क्षयरोगाचे लोकांचे अतिसंवेदनशीलता निदान इत्यादींचा समावेश आहे.

क्षयरोग आणि मायकोबॅक्टेरियासाठी सिरियल डिटेक्शन किट्स:

आयटम क्र	उत्पादनाचे नाव	उत्पादन चाचणी सामग्री	नमुना प्रकार	लागू मॉडेल
एचडब्ल्यूटीएस -3012	नमुना रीलिझ एजंट	थुंकीच्या नमुन्यांच्या लिक्विफॅक्शन ट्रीटमेंटमध्ये वापरल्या जाणार्‍या, प्रथम श्रेणीतील रेकॉर्ड क्रमांक, सुतोंग मशीनरी उपकरणे 20230047 प्राप्त झाला आहे.	थुंकी
एचडब्ल्यूटीएस-एनजीएस-पी 100021	अतिसंवेदनशील क्षयरोगासाठी क्वालकॉम क्वांटिटी डिटेक्शन किट (प्रोब कॅप्चर पद्धत)	बॅक्टेरिया-नकारात्मक फुफ्फुसीय क्षयरोग आणि ब्रेन नोड्यूल्ससाठी नॉन-आक्रमक (लिक्विड बायोप्सी) अतिसंवेदनशीलता शोध; क्षयरोगाचा किंवा क्षयरोग नसलेल्या मायकोबॅक्टेरियाचा संसर्ग झाल्याचा संशय असलेल्या लोकांच्या नमुन्यांचे विश्लेषण उच्च-सखोल अनुक्रमित मेटागेनोमिक्सद्वारे केले गेले आणि क्षयरोग किंवा क्षयरोग नसलेल्या मायकोबॅक्टेरियाची तपासणी माहिती संक्रमित झाली आणि मायकोबॅक्टेरियम ट्यूबरक्युलोसिसची मुख्य प्रथम-रेखा औषध प्रतिरोधक माहिती होती प्रदान केले गेले.	परिघीय रक्त, अल्व्होलर लॅव्हज फ्लुइड, हायड्रोथोरॅक्स आणि जलोदर, फोकस पंचर नमुना, सेरेब्रोस्पाइनल फ्लुइड.	द्वितीय पिढी
एचडब्ल्यूटीएस-एनजीएस-टी 001	मायकोबॅक्टीरियम टायपिंग आणि ड्रग रेझिस्टन्स डिटेक्शन किट (मल्टिप्लेक्स एम्प्लिफिकेशन सिक्वेंसींग पद्धत)	एमटीबीसी आणि 187 एनटीएमसह मायकोबॅक्टीरियम टायपिंग टेस्ट；मायकोबॅक्टीरियम क्षयरोगाचा औषध प्रतिरोध शोधणे 13 औषधे आणि औषध प्रतिरोधक जीन्सच्या 16 कोर उत्परिवर्तन साइट व्यापते.	थुंकी, अल्व्होलर लॅव्हज फ्लुइड, हायड्रोथोरॅक्स आणि जलोदर, फोकस पंचर नमुना, सेरेब्रोस्पाइनल फ्लुइड.	दुसरा/तिसरा पिढी ड्युअल प्लॅटफॉर्म

हायलाइट्सः एचडब्ल्यूटीएस-एनजीएस-टी 001 मायकोबॅक्टीरियम टायपिंग आणि ड्रग रेझिस्टन्स डिटेक्शन किट (मल्टीप्लेक्स एम्प्लिफिकेशन पद्धत)

उत्पादन परिचय

उत्पादन डब्ल्यूएचओ टीबी उपचार मार्गदर्शक तत्त्वे, मॅक्रोलाइड्स आणि एमिनोग्लायकोसाइड्समध्ये सामान्यतः एनटीएम उपचार मार्गदर्शक तत्त्वांमध्ये वापरल्या जाणार्‍या मुख्य प्रथम-द्वितीय-रेषांच्या औषधांवर आधारित आहे आणि औषध प्रतिरोध साइट्समध्ये औषध प्रतिरोध-संबंधित सर्व गटातील औषध प्रतिरोध-संबंधित साइट्सचा समावेश आहे. कोण मायकोबॅक्टीरियम क्षयरोग जटिल उत्परिवर्तन कॅटलॉग, तसेच तपासणी आणि आकडेवारीनुसार इतर नोंदविलेले औषध प्रतिरोध जीन्स आणि उत्परिवर्तन साइट देश-विदेशात उच्च-स्कोअरिंग साहित्य.

टायपिंग ओळख चिनी जर्नल ऑफ क्षयरोग आणि श्वसन रोग आणि तज्ञांच्या सहमतीने प्रकाशित केलेल्या एनटीएम मार्गदर्शक तत्त्वांमध्ये सारांशित एनटीएम स्ट्रॅन्सवर आधारित आहे. डिझाइन केलेले टाइपिंग प्राइमर 190 पेक्षा जास्त एनटीएम प्रजातींचे विस्तार, अनुक्रम आणि भाष्य करू शकतात.

लक्ष्यित मल्टिप्लेक्स पीसीआर एम्प्लिफिकेशन तंत्रज्ञानाद्वारे, मायकोबॅक्टीरियमचे जीनोटाइपिंग जीन्स आणि ड्रग-प्रतिरोधक जीन्स मल्टिप्लेक्स पीसीआरद्वारे वाढविली गेली आणि शोधण्यासाठी लक्ष्य जीन्सचे अ‍ॅम्प्लिकॉन संयोजन प्राप्त झाले. एम्प्लिफाइड उत्पादने द्वितीय-पिढीतील किंवा तृतीय-पिढीतील उच्च-थ्रूपुट सिक्वेंसींग लायब्ररीमध्ये तयार केली जाऊ शकतात आणि लक्ष्य जीन्सची अनुक्रम माहिती मिळविण्यासाठी सर्व द्वितीय-पिढीतील आणि तृतीय-पिढीतील अनुक्रम प्लॅटफॉर्मवर उच्च-सखोल क्रमवारी लावता येते. अंगभूत संदर्भ डेटाबेसमध्ये असलेल्या ज्ञात उत्परिवर्तनांशी तुलना करून (डब्ल्यूएचओ मायकोबॅक्टेरियम क्षयरोग जटिल उत्परिवर्तन कॅटलॉग आणि औषध प्रतिरोधांशी त्याचे संबंध), औषध प्रतिकार किंवा क्षयरोगविरोधी औषधांच्या संवेदनशीलतेशी संबंधित उत्परिवर्तन निश्चित केले गेले. मॅक्रो आणि मायक्रो-टेस्टच्या स्वयं-उघडलेल्या थुंकी नमुना उपचार सोल्यूशनसह एकत्रित, क्लिनिकल स्पटम नमुने (पारंपारिक पद्धतींपेक्षा दहापट जास्त) च्या कमी न्यूक्लिक acid सिड एम्प्लिफिकेशन कार्यक्षमतेची समस्या सोडविली गेली, जेणेकरून औषध प्रतिरोधक अनुक्रम शोधणे शक्य होईल क्लिनिकल थुंकीच्या नमुन्यांवर थेट लागू केले.

उत्पादन शोध श्रेणी

34च्या औषध प्रतिरोध-संबंधित जीन्स18क्षयरोगविरोधी औषधे आणि6एनटीएम औषधे शोधली गेली,297औषध प्रतिकार साइट; दहा प्रकारचे मायकोबॅक्टीरियम क्षयरोग आणि त्यापेक्षा जास्त190एनटीएमचे प्रकार आढळले.

सारणी 1: 18+6 औषधांची माहिती+190+एनटीएम

उत्पादनाचा फायदा

मजबूत क्लिनिकल अनुकूलता: थुंकीचे नमुने थेट संस्कृतीशिवाय सेल्फ-लिकफॅक्शन एजंटसह शोधले जाऊ शकतात.

प्रायोगिक ऑपरेशन सोपे आहे: एम्प्लिफिकेशन ऑपरेशनची पहिली फेरी सोपी आहे आणि लायब्ररीचे बांधकाम 3 तासात पूर्ण झाले आहे, जे कामाची कार्यक्षमता सुधारते.

सर्वसमावेशक टायपिंग आणि ड्रग रेझिस्टन्सः एमटीबी आणि एनटीएमच्या टायपिंग आणि ड्रग रेझिस्टन्स साइट्सचे आच्छादन करणे, जे क्लिनिकल चिंता, अचूक टायपिंग आणि ड्रग रेझिस्टन्स शोधणे, स्वतंत्र विश्लेषण सॉफ्टवेअरला समर्थन देणे आणि एका क्लिकवर विश्लेषण अहवाल तयार करणे हे मुख्य मुद्दे आहेत.

सुसंगतता: उत्पादन सुसंगतता, मुख्य प्रवाहात आयएलएम आणि एमजीआय/ओएनटी प्लॅटफॉर्मशी जुळवून घेणे.

उत्पादन तपशील

उत्पादन कोड	उत्पादनाचे नाव	शोध प्लॅटफॉर्म	वैशिष्ट्ये
एचडब्ल्यूटीएस-एनजीएस-टी 001	मायकोबॅक्टीरियम टायपिंग आणि ड्रग रेझिस्टन्स डिटेक्शन किट (मल्टिप्लेक्स एम्प्लिफिकेशन पद्धत)	Ont 、 इल्युमिना 、 एमजीआय 、 सालस प्रो	16/96rxn